부가가치세 예정신고 때 빠뜨린 세금계산서, 확정신고 때 넣어도 될까요?

2026년 제2기 부가가치세 예정신고·납부기한은 10월 26일(월)입니다. 당초 기한인 10월 25일이 일요일이어서 다음 날로 연장되었습니다. 마감이 다가오면 자주 받는 질문이 있습니다.

“예정신고에서 세금계산서 한 장을 빠뜨렸는데, 내년 1월 확정신고 때 반영하면 되지 않나요?”

결론부터 말하면, 확정신고 때 반영할 수는 있습니다. 다만 누락한 세금계산서가 매입인지 매출인지에 따라 세무상 결과와 가산세 부담이 달라질 수 있습니다. 그 전에, 이 질문이 나에게 해당하는지부터 확인해 보겠습니다.

나는 예정신고 대상일까?

부가가치세 예정신고는 원칙적으로 법인사업자가 합니다. 다만 직전 과세기간의 공급가액 합계액이 1억 5천만 원 미만인 소규모 법인사업자는 예정신고 대신 예정고지를 받습니다. 개인 일반과세자도 통상 예정신고 대신 예정고지를 받습니다. 예정고지 대상자는 고지서에 기재된 세액을 납부하고, 해당 과세기간의 실제 거래는 다음 해 1월 확정신고에서 신고합니다. (부가가치세법 제48조 ③, 부가가치세법 시행령 제90조 ④) 예정고지 대상 여부와 고지세액은 홈택스의 ‘신고도움자료조회’ 또는 ‘나의 홈택스’에서 확인할 수 있습니다. 따라서 아래 내용은 주로 7∼9월 실적에 대하여 예정신고를 하는 법인사업자와, 예정고지 대신 예정신고를 선택한 사업자에게 해당합니다.

예정신고 때 누락한 매입세금계산서

예정신고에서 매입세금계산서를 빠뜨렸더라도, 적법하게 수취한 세금계산서이고 같은 과세기간에 대한 확정신고라면 확정신고에서 반영할 수 있습니다. 다만 매입세액 공제 여부는 신고서에서 빠뜨렸는지만으로 정해지지 않습니다. 세금계산서를 적법하게 수취했는지, 공급시기와 교부시기가 언제인지에 따라서도 달라질 수 있습니다. 예를 들어 9월에 공급받은 거래의 세금계산서를 10월에 받은 경우처럼, 공급시기 이후에 세금계산서를 받았더라도 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받았다면 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 다만 관련 가산세 문제는 별도로 검토해야 합니다.

실무적으로는 매입 누락이 자금 흐름에 영향을 줍니다. 조기환급 대상이라면 환급 시점이 늦어지고, 그렇지 않더라도 예정신고 납부세액을 줄이는 효과를 받지 못해 자금이 일시적으로 묶일 수 있습니다. 가능하면 예정신고 전에 전자세금계산서 수취내역을 충분히 점검하는 것이 좋습니다.

예정신고 때 누락한 매출세금계산서

매출 누락은 매입 누락보다 주의가 필요합니다. 예정신고에서 신고하지 않은 매출을 확정신고에서 반영하더라도, 예정신고분 과소신고에 대한 가산세가 발생할 수 있기 때문입니다. 일반적인 과소신고의 경우 과소신고한 납부세액 등의 10%가 과소신고가산세로 부과됩니다. 부정행위가 있는 경우에는 더 높은 세율이 적용될 수 있습니다. (국세기본법 제47조의 3 ①, 국세기본법 집행기준 47의 3-0-1)

다만 예정신고기한까지 신고는 했으나 일부를 과소신고했고, 이를 확정신고기한까지 수정하여 신고한 경우에는 과소신고가산세의 50%를 감면합니다. 세무서의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정하는 경우에는 감면 대상에서 제외됩니다. (국세기본법 제48조 ② 3 다, 부가가치세법 집행기준 60-0-6 ① 5)

참고로, 예정신고 누락분을 확정신고에 반영하는 경우 과소신고가산세의 75%를 감면한다는 과거 해석이 있었습니다. 그러나 이는 해당 해석 당시의 법령을 전제로 한 것이고, 현재는 위의 50% 감면 규정이 적용됩니다. 또한 덜 낸 세액에 대해서는 납부지연가산세가 발생할 수 있습니다. 현재 국세청 안내상 납부지연가산세는 미납·과소납부세액에 경과일수와 1일당 10만분의 22를 적용하여 계산합니다.

사례 : 매출 1,000만 원을 빠뜨렸다면

예정신고는 기한 내에 했지만 공급가액 1,000만 원의 매출을 누락했고, 이를 2027년 1월 25일 확정신고 때 반영하여 납부한다고 가정해 보겠습니다. 누락된 부가가치세는 100만 원입니다.

구분	계산 예시	금액
과소신고가산세	100만 원의 10%	10만 원
과소신고가산세 감면	확정신고기한까지 수정신고 시 50% 감면	5만 원 감면
감면 후 과소신고가산세		5만 원
납부지연가산세	100만 원, 91일 경과를 가정	약 2만 원
가산세 합계		약 7만 원

위 계산은 일반적인 경우의 단순 예시입니다. 실제 납부지연가산세는 실제 자진납부일, 고지 여부 및 적용 규정에 따라 달라질 수 있습니다.금액만 보면 크지 않아 보일 수 있습니다. 그러나 세액이 크거나 누락 거래가 반복되면 부담도 함께 커집니다. 납부지연가산세는 하루 단위로 늘어나므로, 누락을 발견했다면 확정신고까지 미루지 말고 발견한 시점에 바로 정정하는 것이 좋습니다.

10월 26일 전에 확인할 사항

– 홈택스 전자세금계산서 매출·매입자료와 회계장부를 대조합니다.

– 9월 말 거래 중 세금계산서 발급일이 10월로 넘어간 거래는 실제 공급시기를 확인합니다.

– 신용카드 매출, 현금영수증 매출 및 현금매출의 집계 누락 여부를 점검합니다.

– 거래처가 늦게 발급한 매입세금계산서는 공급시기와 수취일을 확인합니다.

– 예정고지 대상자라면 고지세액과 예정신고 전환 필요 여부를 함께 검토합니다.

정리하면, 예정신고에서 빠뜨린 세금계산서는 확정신고 때 바로잡을 수 있습니다. 다만 매입 누락은 자금이 묶이는 문제로 끝나지만, 매출 누락은 가산세가 붙습니다. 10월 26일 전에 자료를 한 번 더 대조하시고, 신고 후 누락을 발견했다면 미루지 말고 정정하시기 바랍니다.

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